Суть конфликтов я кажется понимаю...
Вообще то в RHEL x86-64 есть некоторые пакеты как для i386, так и для х86-64.
Посмотри перед обновлением rpm -qa | less
Если увидешь две строки для одного и того же пакета, то это и есть как раз такие.
Докачиваешь их так же и для i386 и ставишь одновременно x86-64 и i386.
Пакеты лучше ставить постепенно, а не всем скопом предварительно посмотрев на зависимости и версии пакетов.
Ядро лучше обновлять в последнюю очередь, а еще лучше собрать его из src.rpm на своей машине.
Существует и вторая возможность - при наличии халавной внешки можешь залезть на сайт RedHat и найти пункт по бесплатной 30-дневной поддержке. Зарегиться там и получить лицензию. Когда получишь лицензию - запускаешь up2date и все обновиться с их сервера...
З.Ы. Нужно будет все-таки репозитарий yum сделать для x86_64 <_< Осложняется эта проблема правда тем, что ветку i386 не я обновляю, так как не могу, а обновления в репозитарий оттуда добавлять то же нужно