web/ftp хранилище на ntfs + *nix это мягко говоря изврат.. работать будет конечно (ntfs3g) но значительно медленней чем это было в win и тем более хуже чем это может быть в *nix с нативными файловыми системами.
Действительно бакапов похоже не делают (небось данные не критичны), но потратить 2-3 часа на перенос данных (и 3трублей на еще один жесткий диск или бесплатно/за пиво пару дисков от друзей) и пару минут рукошевеления - это очень мало, по сравнению с потенциальными проблемами, которые могут возникнуть в будущем от ntfs и *nix (например чинить разделы будет нечем).
