Вписать в /etc/rc.local. А лучше сделать нормальный стартовый скрипт для демона халфы (насколько я понял, это он). Приверов в /etc/init.d полно. И переход, если писать в rc.local, лучше делать не через cd, а через pusd и после запуска вернуться "на место" через popd. За подробностями - в man bash.
