Я такой вариант использую:
Года 3 назад я все платформозависимые вещи
(потоки там, сокеты разные) инкапсулировал в библиотеке.
Соответственно интерфейс у нее под обоими операционками одинаковый.
Так что и там и там я компилирую свои программы на чем попало вообще.
(gcc, Visual C++ (6, net 2002, net 2003), Borland C++ Builder)
И все работает

.
Если этот путь не нравится - cygwin.