Когда флешка отмантирована, то по суте она не должна питаться от порта USB. Соответственно не должна работать => срок службы её тем самым должен увеличится.
Если флешка не совсем отстойная, до сдохнуть она может только от частых перезаписей.
Если каждый день будешь перезаливать в неё большие объёмы информации, то она долго не протянет.
Под линухом можно использовать FS специально предназначенную для флешек, с такой FS износ флешки будет равномерный и она дольше прослужит.
Хотя даже если предположить, что ресурс у неё 10000 перезаписей(у современных flash чипов обычно 100000), то хватит на 27 лет, если в день записывать не более одного раза
Думаю что для backup лучше будет взять внешний винт, ресурс у него существенно больше.