Первое:
Не запускаются? А если попробовать
./комманда
то есть поставить впереди ./ - это сделано из соображений безопастности. sh ищет исполняемые файлы только в каталогах указнных в переменной path. Этой приставкой ты указываешь искать их в текущей директории, так как . (точка) указывает на текущий каталог.
Второе:
Если у тебя они светятся ядовито зеленым в MC, то это значит, что они уже исполняемые и тебе к первому пункту. Еще в mc в меню есть опция для смены прав на файлы. А еще есть chmod - команда для смены прав - там есть право на запуск.
man chmod
Это на порядок лучше чем делать это в mc, так как есть опция -R, рекурсивное изменение прав.
-------------------
Сумбурно : )) но направление указанно верно.