man mke2fs даёт следующий ответ:
mke2fs -S -- переписывает (создаёт заново superblock and group descriptors only). Это полезно при крахе основного и резервного суперблока, например при появлении "бэдов" на их месте.
---
P.S.
Таким способом восстанавливал все данные, которые только не попали в область "бэдблоков".
--
С уважением.