Почему я говорю, что копирует. Я просто винду много раз востанавливал или устанавливал из образа.
Буквы дисков после этого нармально остаются, а как-то при возне с линуксом мне пришлось MBR сбрасывать, так винда все буквы дисков поменяла, следовательно какая-то инфа о буквах дисков храниться именно в MBR.