1. Если не ошибаюсь, то WSUS хранит всю информацию о закаченных апдейтах в виде уникальный ключей ID. Просто скопировать руками не получится, к сожалению. В этом случае надо полностью обновлять весь индекс и загружать апдейты по новой.
Действительно, вероятно поломались даже не исполняемые файлы WSUS, а база данных WSUS, ведь скорее всего именно она переписывалась в момент зависона. В таком случае копирование исполняемых файлов ничего не даст. "За" этот вариант еще и тот факт, что сегодня у меня почему-то из пачки накопившихся update-ов три вдруг поставились. Я так понимаю, что это те, которые пришли уже позже применения "доброго" chkdsk.
Вы не в курсе, где храниться этот самый индекс и база данных WSUS-а? Попробую его либо отремонтировать либо просто стереть.
2. Сконвертировать раздел в NTFS можно штатными средствами ОС. Консоль и команда convert вам в помощь.
Да, кстати, конвертация тоже вариант. Просто для FAT-ов инструментов побольше, да и скорость у него повыше будет, а проблем поменьше - вот и сижу на нём.
Однако, если поломались не исполняемые файлы, а база данных, тогда особого смысла в этом нету.