Определитесь, какие сервисы надо перетащить на новое железо? А то "все настройки" как-то не очень ясно по отношению к серверу. Может у вас только файловый сервер, а может ... Угадать сложно. Надо знать И какая все-таки ось? Имхо, лучше определиться и использовать штатные средства от МС.
Смотрим в technet "Как перенести установленную систему Windows на другой компьютер" (249694).
При клонировании возникает вопрос драйверов - здесь, как повезет (если на новом железе есть RAID, то, кажется, могут быть сложности). Плюс помним о разбиении на логические тома. Некоторые программы-клоны требуют полной идентичности оборудования и разметки дисков. Сама МС по этому поводу говорит: "Корпорация Майкрософт не поддерживает восстановление резервной копии состояния системы на другом физическом компьютере другой марки, модели или имеющем другую конфигурацию оборудования." Это относится и к ASR-восстановлению на другом железе.
ПС. Ну и не забываем забекапиться перед экспериментами.